Standart kanser tedavilerine karşı direnç gelişmesi kaçınılmaz olduğundan, bu sorunla zamanında yüzleşmeye hazır mıyız? Kanserde ilaç direnci yaygın bir sorundur, ancak genellikle evrimsel güçler tarafından yönlendirilir. Son teknoloji genomik tekniklerin ortaya çıkmasıyla, artık kanser evriminin adımlarını izlemek ve problemi lehimize çevirmek mümkün. Deneysel sistem üzerinde kontrole sahip olabilmek, bu klonal dinamikleri tek hücre barkodlama ve dizileme tekniklerini kullanarak çok yüksek çözünürlükte izlenmesine olanak sağladı. Sofistike hesaplama analizlerinin bir araya getirildiği bu en son teknikler, kanserdeki “evrimsel yönlendirme” fikrini test etme fırsatı verdi. Bu fikir basit bir soruya dayanıyor: Kanserde A ilacına karşı gelişen direnç, B ilacına duyarlılığa yol açar mı? Eğer öyleyse, bu gösterilebilir mi?
Bu görev Dr. Ahmet Acar’a projede liderlik etmesi amacı ile, laboratuvarda görevli bir dizi parlak zihnin de desteğiyle, Prof. Andrea Sottoriva (Londra Kanser Araştırma Enstitüsü Evrim ve Kanser Merkezi Direktörü) tarafından verildi. Bu çalışmada, büyük popülasyon kültürlerinden ve standart olmayan kültür koşullarının kullanılmasından yararlanıldı. Deneysel sistemlerdeki yapay bozulmaları önlemek için standart hücre kültürü pasajlama yöntemlerinden kaçınıldı ve geniş hücre kültürü şişelerinin avantajlarından faydalanıldı. Takip edilen kanser hücre klonlarını geçici ve tahribatsız olarak yinelemek adına seçilim ölçümleri kültür ortamlarında gerçekleştirildi. Son olarak, potansiyel olarak nadir görülen evrimsel değişimleri keşfetmek için yüksek verimli ilaç taraması yapıldı. Genel olarak, ulaşılan bulgular seçilim koşulları altında evrimin sıklıkla öngörülebilir olduğunu ve bu nedenle kontrol edilebilir olduğunu gösterdi. Klinik bağlamda, hasta örnekleri ve bunların türev model sistemleri kullanılarak, her hasta için klonal dinamikleri sayısal olarak izleme ve dolayısıyla her kanser klonunun kontrol edilmesi veya yok edilmesi için kanserin bir sonraki hareketi tahmin edilebilir.
Dr. Ahmet Acar, 1 Şubat 2020 itibariyle ODTÜ Biyolojik Bilimler Bölümü’nde kendi ekibini yönetiyor. Ekibi ile birlikte ilk olarak, sayısal biyoloji ve son teknoloji klon izleme teknolojilerinin kullanımı ile sofistike deneysel model sistemleri geliştirmeyi amaçlayan Acar, ikinci olarak, daha iyi bir anlayış elde etmek ve böylece klinikteki her hasta için kişiselleştirilmiş tedavi yöntemleri geliştirebilmek adına Türkiye’deki ilk hasta kökenli Organoid Biobank’ı kurmayı hedefliyor.
